12月16日，华大基因联合深圳市博商基金会、顺丰公益基金会、深圳市女企业家协会、深圳女医师协会、深圳市广电公益基金会、深圳市妇女儿童发展基金会共同发起“乡村女教师健康关爱计划”公益活动，该项计划依托互联网形式开展，为全国25-60岁的乡村女教师提供宫颈癌预防HPV分型基因检测服务，依托华大基因先进的基因检测技术，为乡村女教师科学认识宫颈癌，预防、筛查和诊治宫颈癌提供必要的帮助，降低女教师宫颈癌的发病率和死亡率，有效保护社会教育事业的半边天。该计划发起后，短短2周内访问人次超2.5万，覆盖了广东、广西、云南、贵州、四川、湖南、湖北、江西、安徽、江苏、吉林、黑龙江、福建、河北、河南、陕西、山东等全国17个省市的1700+名乡村女教师。

11月起，由深圳市妇幼保健院主办，深圳市女企业家协会、深圳市女医师协会、深圳市妇女儿童发展基金会、深圳市广电公益基金会、华大基因承办的“关爱女性、远离两癌”女性健康公益科普活动走进大成律所、周大福、湾谷、巴士集团、深圳大学等组织单位和社区。

3月21日，华基金是深圳市广电公益基金会旗下的专项基金，由深圳市广电公益基金会与深圳华大基因股份有限公司合作发起，用于救助重症地中海贫血（以下简称地贫）、白血病患者，以及进行与罕见病诊断、预防相关的公益和科普活动。华基金的启动资金50万元人民币，来自华大高管和股东的捐赠。华基金宣布，为全球的重症地贫血患儿永久免费进行HLA配型。

9月，远离两癌工作组发起了《宫颈癌，请远离她们》公益项目，旨在通过公益的方式，为贫困地区女性开展宫颈癌筛查，项目发起后，引起了广泛反响，更多人认识了这种疾病，更多人伸出了援助之手。

远离两癌工作组给两位患者送去了99公益日募捐项目《宫颈癌，请远离她们》的爱心善款共计10000元人民币，包括慰问水果和奶制品，也带去了全国爱心人士的关爱和问候。面对我们的来访，她们激动不已，由衷感谢政府两癌惠民筛查，才保住了生命，才有了幸福生活的希望，也非常感谢远离两癌工作组和全国爱心人士的帮助。

11月19日，华大与深圳市女企业家协会、深圳市女医师协会、深圳市妇女儿童发展基金会、深圳市广电公益基金会共同发起深圳女性远离两癌倡议活动，成立“远离两癌工作组”。活动旨在通过基因检测、影像学检查和定期的“两癌”知识科普教育等方法，借助现代医疗科技实现两癌“早预防、早发现、早治疗”，让广大女性朋友最大程度“远离两癌”，为女性健康保驾护航。

6月24日，华大开展基因科技助力罕见病计划之“子琪计划”，免费提供100名粘多糖病患者HLA骨髓配型检测服务。该计划将让市民进一步了解基因和健康的关系，提高社会对罕见病患者群体的关注，真正实现用科技造福罕见病患者。

为了响应“春叔”的无私与博爱精神，华大在继“子琪计划”之后开展了“春叔计划”，将征集100名地中海贫血患者，除免费提供HLA配型外同时提供免费的遗传咨询服务。

7月8日，华大在北京宣布启动“千万家庭远离遗传出生缺陷”计划。该计划开展了一系列针对罕见病的“科技公益”项目，包括面向粘多糖病患者的“子琪计划”，面向地中海贫血的“春叔计划”和面向鱼鳞病的“晓明计划”等。

6月12日，华大与凤凰县人民政府合作的“情系妇女 关爱生命”妇女健康行动暨宫颈癌免费筛查活动正式启动，计划在2012-2014年完成5万多名已婚育龄妇女宫颈癌筛查。

2月28日，由国家人口计生委、中国人口福利基金会联合发起的“爱在流动”大型公益行动首站在广东启动。华大关爱群众健康，为贫困流动人口捐赠10万人份HPV检测服务，总价值达600万。中国人口福利基金会对华大进行表彰，并颁发荣誉证书。

同年，广东省鹤山市政府启动“鹤山市10万适龄妇女宫颈癌HPV筛查项目”，采用高效的“不依赖医生的社区自发组织筛查+受检者自取样+固相样品保存卡+HPV高通量测序检测技术”的筛查模式，成为全国第一个覆盖全区域适龄妇女的宫颈癌早期筛查新模式示范点。

11月15日，在深圳高交会新闻发布会上，华大与深圳市红十字会签署协议，合作开展“地中海贫血救助工程”。

同年，华大向中华骨髓库捐助4300万元资金，并协助完成9万人份的HLA高分辨分型测序。

美国防癌组织 (POI) 与华大基因、北京大学深圳医院合作，在著名的深圳宫颈癌预防研究项目II(SHENCCAST II) 中采用华大基因的高通量PCR平台的MALDI-TOF HPV检测对医生取样和筛查对象自取样样本进行了大规模临床试验对照。

结果证实，MALDI-TOF的自取样样本检测结果与HC-2医生取样的检测结果在敏感性和特异性方面效果相同，无显著差异，这一技术解决了人群宫颈癌筛查普及中需要依赖医生采样、筛查技术通量低，检测成本高等问题，实现了受检者自行采样、高通量低成本的检测。

华大开始HPV分型基因检测技术的研发工作。该技术采用第二代高通量测序，可对世界卫生组织公布的与宫颈癌发生高度相关的14种高危型HPV (16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68型) 进行精准分型。

华大为国内偏远地区（如西藏、内蒙古等地）的少数民族进行大规模的免费体检。