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国家基因库生命大数据平台再获国际认可!这次有Wiley、Oxford、PeerJ、Science系列期刊……

发布日期:2022/02/08

近日,国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)获得多家国际出版机构/期刊认可:获Wiley、Oxford出版集团和PeerJ出版社认可;获Science系列期刊认可,符合SAGE期刊投稿需求。

这是CNGBdb在国际认可方面继被爱思唯尔(Elsevier)收录为组学数据归档库,成为地球生物基因组计划(EBP)推荐存储库之后的又一重大进展,标志着CNGBdb组学数据标准和数据库体系在国际认可方面迈上新台阶。全球科研人员在以上国际期刊/出版机构旗下期刊投稿,可以选择CNGBdb归档并共享科研数据。



国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)是一个为全球科研工作者提供生物大数据汇交管理和共享使用等服务的平台。截至目前,已归档3721个研究项目,多组学数据量达6612TB,支撑全球近300个科研单位的科研数据汇交和共享。

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国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)

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CNGBdb一直致力于推动全球科学数据的开放共享。目前,CNGBdb已获得国际主流出版机构/期刊、重大国际合作项目的认可。此外,递交到CNGBdb的数据统一进行DOI(数字对象标识符)标识,促进共享和利用。




FAIRsharing & re3data.org




2019年1月,CNGBdb被国际科研数据仓储目录re3data.org和FAIRsharing收录。

* FAIRsharing和re3data是当前全球生命科学领域内最权威和全面的信息收录平台。



Elsevier




2021年,CNGBdb被全球学术出版业巨头爱思唯尔(Elsevier)收录为组学数据归档库,并列入其推荐数据存储库列表。

* Elsevier是医学与其他科学文献出版社之一,其出版2650部数字化期刊,如The Lancet和Cell等。



EBP




2021年3月,地球生物基因组计划(Earth BioGenome Project, EBP)将国家基因库序列归档系统(CNSA)列为推荐存储库,为 EBP的DNA和RNA高通量测序数据、组装数据、变异数据、样本元数据、项目数据提供存储服务。

* EBP被称为生物登月计划,由美国史密斯森研究协会、英国桑格研究所、中国华大以及巴西的圣保罗研究基金会等机构发起,旨在用10年的时间,对地球上所有真核生物的基因组进行测序、编目和表征。



Wiley




2021年12月,CNGBdb获得Wiley出版集团认可。

* Wiley是全球科研和教育领域的领导者,通过促进发现、赋能教育和塑造人才,来激发人的潜能。



Oxford、Science、PeerJ、SAGE




2022年1月,CNGBdb获得Oxford出版集团和PeerJ出版社认可;获得Science系列期刊认可,符合SAGE期刊投稿需求。

* Oxford University Press是世界上历史最悠久、规模最大的大学出版社之一;PeerJ出版社是全球领先的开放学术出版商之一;Science杂志每周发行,在科学领域一直保持着最权威的学术地位;SAGE每年出版1100余种国际知名的同行评审期刊。


CNGBdb的存储功能由国家基因库序列归档系统(CNSA)负责。CNSA是一个归档全球组学数据的系统,致力于多组学数据(基因组、转录组、代谢组、单细胞和空间转录组等)的存储、管理和共享,促进组学数据的再利用,推动生命科学的发展,为国内科研人员提供更加安全、规范、可靠、便捷、开放的数据归档系统。

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国家基因库序列归档系统(CNSA)

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截至2021年12月29日,CNSA已支持论文发表351篇,发表期刊183种,包括The Lancet、Science、Cell 等。

👉 CNGBdb科研支撑成果汇【更新至20211229】


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CNGBdb支持发表杂志

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#CNGBdb支撑成果发表实例

2021年中山大学公共卫生学院的舒跃龙团队在Science期刊发表重大突破:首次发现人MX1基因稀有变异可能增加人感染H7N9禽流感病毒风险。此项研究中全基因组测序数据及其关联分析的等位基因频率和汇总统计数据已存储于国家基因库生命大数据平台(CNGBdb),项目编号分别为:CNP0001997和CNP0001481。


未来,CNGBdb将继续在严格保障数据安全的前提下,以切实服务用户需求为驱动,不断完善平台功能,与全球期刊展开深入合作,为全球科研工作者提供更加便捷高效的服务。


补充阅读


如何在CNGBdb存数据发文章?

CNSA为多组学数据(基因组、转录组、代谢组、单细胞和空间转录组等)提供存储、管理和共享服务。


以研究热点单细胞为例,CNSA可实现单细胞【实验/测序数据】和【分析数据】的一站式归档服务,数据递交流程如下:


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  • 单细胞实验/测序数据

CNSA单细胞实验/测序数据包括单细胞组学研究的设计、方案、试验、样本等元数据和原始数据文件。


01

  

创建项目和样本

提交入口页分别点击“项目”和“样本”进入提交流程,并在线填写的“项目”和“样本”基本信息和详细信息。当信息通过校验后,系统会自动分配项目编号(CNPXXXXXXX)和样本编号(CNSXXXXXXX)。


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02

原始数据递交


在提交入口页点击“实验/测序”进入提交流程。选择单个或者批量实验/测序提交。您需要在提交流程中在线填写实验/测序的元数据,并选择合适的上传方式上传数据文件。当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配实验/测序编号(CNXXXXXXXX/CNRXXXXXXX)。


# 如果您的数据量较大,建议选择Aspera高速上传。

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  • 单细胞分析数据

CNSA单细胞分析数据归档功能,主要归档使用单细胞技术产生数据的分析结果,包括表达矩阵、MM坐标矩阵、聚类文件等。


01

单细胞递交入口


提交入口页点击“单细胞”进入提交流程。

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02

关联项目


填写该次提交的单细胞数据关联的项目编号细胞数量

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03

提交单细胞数据文件和元数据


先根据数据文件格式要求和数据上传方式上传数据文件。注意:基因表达文件必须提交,其他类型的文件可选。如果您的基因表达文件、元数据文件和聚类文件需要分组,请在文件名中添加分组名称。

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下载单细胞元数据提交模板,填写后上传。系统将依次校验提交文件中的每个表,如果字段校验不通过,请根据弹框提示的校验规则和错误行号进行修改,然后重新上传。

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04

个人中心查看递交结果


当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配单细胞编号(CSEXXXXXXX),并在10秒后跳转到我的提交-单细胞,可在此页面元数据状态列可以查看单细胞数据编号并下载元数据文件。

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如果您的数据已提交至CNGBdb-CNSA,请在文章中引用CNGBdb编号,引用方式参考如下:

英文:The data that support the findings of this study have been deposited into CNGB Sequence Archive (CNSA) [1] of China National GeneBank DataBase (CNGBdb) [2] with accession number CNPXXXXXXX.


中文:该研究的相关结果数据已收录在国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)[2] 的国家基因库序列归档系统(CNSA)[1],项目编号:CNPXXXXXXX。


参考文献

[1] Guo XQ, Chen FZ, Gao F, et al. CNSA: a data repository for archiving omics data. Database (Oxford). 2020;2020:baaa055. doi:10.1093/database/baaa055. Endnote

[2] Chen FZ, You LJ, Yang F, et al. CNGBdb: China National GeneBank DataBase. Hereditas. 2020;42(08):799-809. doi:10.16288/j.yczz.20-080.