秋海棠属是世界上物种多样性最为丰富的类群之一，是全球维管植物物种数量排名前十的大属，种类超过2000种。近日，由深圳市仙湖植物园与深圳华大生命科学研究院牵头完成的秋海棠属植物基因组研究成果在植物学领域国际权威刊物《新植物学家》（New Phytologist）（IF=10.151）发表。
秋海棠属植物主要分布于热带及亚热带地区，多数种类生活在阴湿的环境，属于典型的阴生植物。此外，秋海棠属植物叶型、叶斑变化多样，花色丰富，兼观叶与观花于一身，观赏价值极高，是现今最具应用价值的园艺观赏花卉之一。研究团队完成桑寄生状秋海棠（Begonia loranthoides）、铁十字秋海棠（Begonia masoniana）、黑武士秋海棠（Begonia darthvaderiana）和盾叶秋海棠（Begonia peltatifolia）4种秋海棠属植物全基因组组装，并完成了74个全球代表性的秋海棠属种类的浅层基因组测序。组装得到的4个物种基因组大小介于331 Mb ~ 799 Mb，基因数量介于22059~23444之间，BUSCO评估均达到91%以上，高质量的基因组组装为秋海棠属植物功能基因组学研究以及通过分子育种培育新优品种提供重要的参考。该研究还发现，秋海棠属祖先在大约3500万年前（35 MYA）经历了一次特有的全基因组加倍事件（WGD），该事件对秋海棠属植物多样性演化和耐阴适应性具有重要贡献。WGD发生后，很多与光合作用及能量代谢相关的基因得以保留与富集，并且与红光、蓝光及紫外光接收有关的受体基因（PHOT、CYR1/2、PHY及UVR8）均保留了多个拷贝，且部分已经发生了功能分化，这对秋海棠属植物适应阴生环境、提高光合利用率具有重要意义。研究发现转座子（TE）在秋海棠属植物基因组中占有很大比例，且种间特异性较高；不同种之间活跃的TE的类型与数量均存在明显的差异。TE在功能基因启动子及内含子等不同位置插入的模式及数量在不同物种间存在明显的差异，且偏向插入到一些与胁迫反应相关的基因，揭示了TE与秋海棠物种的形成及适应性关系十分密切。此外，杂交与基因渐渗对秋海棠属植物多样化的形成具有很大贡献，尤其在美洲分布的类群，祖先可能发生了多次杂交事件。
该研究成果为揭示秋海棠属植物多样性形成及适应性进化提供了新的见解，并为秋海棠属植物后基因组学研究提供了重要的参考。 深圳市仙湖植物园植物研究中心李凌飞博士、董珊珊博士、李娜以及深圳华大生命科学研究院陈晓丽博士、方东明副研究员、郭兴博士为该论文共同第一作者，深圳华大生命科学研究院刘欢研究员和深圳市仙湖植物园张寿洲研究员为共同通讯作者。相关工作得到了国家重点研发计划项目、深圳市城管局科研项目等资金的支持。
