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华大基因发布全新跨组学软件系统TranOS
发布日期: 2016-11-05

除了云计算、大数据、人工智能之外,近来IT圈最燃的非“软件定义”莫属。继软件定义网络、软件定义数据中心、软件定义存储之后,“软件定义你的实验室”也横空出世——在115ICG-112016产品发布会”上,华大基因发布了全新的跨组学软件系统TranOS,为实现实验室全流程、一体化管理提供了智能高效的软件环境。

发布会上,华大基因信息技术部主任方林对TranOS的设计目标及其在自动化系统、快速部署、弹性扩展、开放和标准、智能分析、用户体验等六个方面的特性作了简要介绍,并分享了TranOS在南京市妇幼保健院及华大司法的两个应用案例。

随着桌面测序仪的普遍应用,尤其是在医院的逐步推广,一个能快速部署、高效智能地进行基因检测的应用环境成为越来越多用户的诉求。TranOS的应运而生提供了一个完美的解决方案:它不仅能管理实验室里的测序仪、样品制备仪等实验仪器,也能很好地管理计算设备、存储设备等。当样品进入后,TranOS还能把样本流动、数据分析、过程质控、临床报告等过程有机串联集成起来,达到“全套实验室管理,一个软件系统对策”的目标。

TranOS的高度集成、按需分配的特性使快速部署成为可能。“整个系统里面能做什么样的检测,能产生什么样的报告模板和要配什么样的硬件其实都是一个高可配的环境。”方林介绍,系统开发完后进行的测试过程中,整个系统部署耗时只用了一到两天的时间。同时,在弹性扩展方面,TranOS具有优越的灵活性和可塑性,包括实验室多套设备的集成管理、多组学的串联、高效模块定义及多应用的适配等。方林表示,目前,TranOS已经可以实现WESPGSNIFTY®和司法一些应用的检测。

TranOS是在华大基因去年发布的一体机应用系统的扩展,可以将实验室管理系统和后台的报告交付系统整合在一个完整的软件环境里,为用户提供一个更好的交付环境。”方林说,“作为互联网时代的‘in’产品,我们的系统必须具有开放的用户环境,可以灵活连接到其他网络生态环境里,实现功能扩展,并且这种联网是安全的。” 据介绍,TranOS在设计的时候就定义了很多开放的接口,甚至可以通过导入excel和外围的数据库来对接外围的数据。同时,TranOS有严格的数据存储标准,比如医学的数据按照HL7的标准,组学的数据按照GA4GH的标准存储。

未来,TranOS还将探索更广的功能扩展,比如,在前端把系统部署到医院,让医院的电子病历系统等数据接入TranOS,为样本的临床检测提供更加精准的报告;在后端,将华大基因或其他机构基于组学数据建立的数据仓库、应用中心和知识中心也整合在这套系统里,让分析更智能、更全面。

为了追求更优的用户体验,在界面设计上,TranOS目前基本上依据BGISEQ500的界面“量身定制”,并提供了丰富实用的图表功能,同时把操作的过程进行了分类,能让用户清晰地管理样本和了解实验室的状况。

据了解,迄今为止,华大基因已经完成了TranOS跟医院系统对接的概念验证,接下来,将挖掘“软件定义的实验室”的更多可能,发展更加智能高效的软件生态环境。