Roche 454 GS FLX+ 测序平台是罗氏旗下的454生命科学推出的最新升级版测序仪,该仪器的最大读长能够达到1000bp,测序准确性高达99.997%,达到了与Sanger相当的长度与准确性,并降低了测序成本,从而集一代sanger测序读长及质量优势与二代测序高通量特点于一身。

454 GS FLX+ 是基于焦磷酸测序(Pyrosequencing) 原理建立的高通量基因组测序系统,依靠生物发光进行DNA序列分析的技术:在多种酶的协同作用下,当碱基正确配对时,发生一个合成反应和一个化学发光反应的偶联,释放光信号。光信号实时被高灵敏度CCD捕获,最终达到测序的目的。基于454 GS FLX+ 较长读长的特点,其主要应用的领域包括:微生物群落多样性分析(16s, 18s, ITS)、复杂环境样品的宏基因组学研究、微生物基因组的de novo测序、转录组测序研究,此外还可应用于外显子测序、目标区域捕获、病原菌检测等研究。

性能参数

系统GS FLX+ System

测序试剂

GS FLX Titanium XL+

GS FLX Titanium XLR70

读长

最大读长1,000bp

Mode读长700bp

最大读长600bp

Mode读长450bp

Reads/run

~1,000,000 Shotgun

~1,000,000 Shotgun

~700,000 amplicon

读长参数

85%read读长>500bp

45%read 读长>700bp

85%read读长>300bp

20%read读长>500bp

典型数据量/run

700Mb

450Mb

一致性准确率

99.997%

99.995%

周期

23 h/run

10h/run

测序样品

gDNA或者cDNA

gDNA, cDNA, 或者amplicons

(PCR products)

样品混合测序

MIDs( Multiplex Indetifiers )132

分区:2, 4, 8, 16

数据来自454官方网站。实际情况取决于不同的样品和基因组特点;一致性准确率来自大肠杆菌(E.coli15× 覆盖度的数据。

 
数据来自华大基因大肠杆菌(E.coli)全基因组测序

测序流程

应用方向

宏基因组测序

全基因组的de novo测序

转录组测序

扩增子测序

重测序