Ion Torrent平台是基于半导体技术台式高通量测序仪。平台使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片,一个小孔就是一个测序反应池孔底部带有感应器。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸的DNA链上时,会释放出一个氢离子,反应池中的PH发生改变,位于池下的离子感受器就会感受到信号,把化学信号直接转化为数字信号,从而读出DNA序列。与其它新一代测序仪相比,Ion Torrent平台不需要激发光、CCD成像仪荧光标记,能直接并快速DNA序列,具有简单、快速、准确、灵活和低成本等显著优势,是中等规模测序项目的最佳选择。华大基因目前拥有数十台中低通量的Ion Torrent PGM Systems和中高通量的Ion Torrent Proton Systems



                图Ion Torrent测序原理示意图 
          Ion Torrent Platforms

 

性能参数

 

Ion Torrent PGM

Ion Torrent Proton

Chip Type

PGM 314

PGM 316

PGM 318

Proton I

Proton II
(~2014)

# of sensors

1.3M

6.3M

11M

165M

660M

Total output

10-40Mb

100-400Mb

~1Gb

~10Gb

~100Gb

Run time

1-2 hrs

1-2 hrs

1-2 hrs

2.5 hrs

2.5 hrs

Read length

up to 400bp

~200bp

up to 400bp

~200bp

~200bp

Total reads

up to 0.6M

up to 3M

up to 6M

60-80M

240-330M

1 Ion Torrent平台性能参数

技术特点

1简单:基于半导体技术测序原理,不用荧光、化学发光和酶级联反应;消耗样本少;

2快速:从文库构建到数据产出只需2天,上机测序只需23小时; 

3灵活性:可满足不同通量的测序需求。

      314 TMChip~10Mb/run),316 TMChip~100Mb/run),318 TMChip~1Gb/runPI Chip ~10Gb/run),PII Chip ~100Gb/run)。

4准确性:99.97%


测序流程


3. Ion Torrent测序流程示意图


应用范围

1小基因组测序(如:微生物和病毒的从头测序和重测序;线粒体测序等)

2扩增子重测序(如:16S宏基因组测序)

3靶向重测序

4、转录组/全外显子测序(Ion Proton


4. Ion Torrent平台应用范围