Illumina高通量测序平台主要由HiSeq测序仪和MiSeq测序仪组成,提供高精度的测序服务。


HiSeq2000Illumina公司于2010年推出的新款测序仪,测序原理与Genome Analyzer相同,采用稳定的可逆终止法边合成边测序技术。该技术使用4种含有末端阻断基团和不同荧光信号的碱基进行模板互补链合成不仅确保了测序的高精确性和高顺序性,而且排除了由重复序列和同聚物导致的测序错误。与Genome Analyzer不同的是,HiSeq2000融合了最新的光学系统和制造工艺,采用2个激光源对Flow Cell扫描,用4台照相机对4种碱基分别进行记录,减少了不同碱基间的信号干扰,提高了测序准确度。HiSeq2000因采用了Flow Cell双表面成像技术,增加了Flow Cell有效面积,从而增大了测序通量,降低了测序成本。

性能参数

读长

Flow Cell运行

Flow Cell运行

产量

运行时间

产量

运行时间

1×35

47-52Gb

1.5

95-105Gb

2

2×50

135-150Gb

4.5

270-300Gb

5.5

2×100

270-300Gb

8.5

540-600Gb

11

质量标准

2×50bp Q30≥85%

2×100bp Q30≥80%


说明以上数据基于Illumina标准品PhiXHiSeq2000使用v3测序试剂推荐上机密度为750-850k/mmPF后约为610-678k/mm2。上机结果会根据样品质量、Cluster密度及实际实验情况有所改变。


技术特点

1双表面成像技术;

24台照相机分别对4种碱基拍照,减少信号干扰; 

3HiSeq2000 v3试剂升级后,Flow Cell每条lane宽度加宽,增加了Flow Cell面积;Cluster generation试剂升级降低了测序过程中出现的GC bias 


测序流程

应用范围

1、基因组学

1)全基因组De novo测序:测序通量高,准确率高,成本低

2)全基因组重测序:动植物重测序

3)外显子&目标区域捕获测序

2、转录组学

1)转录组测序

2)数字基因表达谱测序

3)小RNA测序

4)降解组测序

3、表观组学

1)甲基化测序

2RRBS测序

3MeDIP测序

4ChIP测序

HiSeq2500Illumina2012年推出的HiSeq2000测序仪的升级版。目前华大基因已拥有20HiSeq2500,分布在全球各地。HiSeq2500HiSeq2000相比,有两种测序模式:High Output模式和Rapid 模式。High Output模式与现在的HiSeq2000测序模式相同,测序所用Flow Cell和测序试剂无改变;Rapid模式采用全新Flow Cell及测序试剂,缩短了测序时间,测序读长可达150bp

性能参数

读长

High Output 模式*

Rapid 模式*

FC运行

FC运行

FC运行时间

FC运行

FC运行

FC运行时间

1×36

95-105Gb

47-52Gb

2

18-22Gb

9-11Gb

7小时

2×50

270-300Gb

135-150Gb

5.5

50-60Gb

25-30Gb

16小时

2×100

540-600Gb

270-300Gb

11

100-120Gb

50-60Gb

27小时

2×150

--

--

--

150-180Gb

75-90Gb

40小时

质量标准

2×50bp Q30≥85%

2×100bp Q30≥80%

2×50bp Q30≥85%

2×100bp Q30≥80%

2×150bp Q30≥75%

说明:

1、以上数据基于Illumina标准品PhiXHigh Output模式使用v3测序试剂推荐上机密度为750-850k/mmPF后约为610-678k/mm2Rapid模式推荐上机密度为750-900k/mm2PF后约为700-820k/mm2。上机结果会根据样品质量、Cluster密度及实际实验情况有所改变。

2、Rapid模式测序运行时间包括在HiSeq上进行Cluster generation的时间(约1.5小时)及测序时间;High Output模式测序运行时间只包括测序时间,不包括Flow Cell制备时间(约为4-5小时)。

3、HiSeq2000机器出厂号码<700895的机器,Rapid 模式的运行时间约延长15小时。


技术特点

1、Rapid模式采用2 lane Flow Cell及全新测序试剂,测序时间缩短至几十个小时,测序读长可达150bp

2、双重流路,支持高通量和快速测序模式;

3、支持指定区域扫描拍照

4、1天可完成1个人类基因组测序工作


测序流程

High Output模式


Rapid模式

应用范围

1、基因组学

(1)全基因组De novo测序:测序通量高,准确率高,成本低

(2)全基因组重测序:动植物重测序

(3)外显子&目标区域捕获测序

2、转录组学

(1)转录组测序

(2)数字基因表达谱测序

(3)小RNA测序

(4)降解组测序

3、表观组学

(1)甲基化测序

(2)RRBS测序

(3)MeDIP测序

Illumina Miseq20112月推出的新一代小型化(bench-top)测序仪,这款仪器使用了Illumina TruSeq可逆中止碱基边合成边测序的化学方法,与HiSeq 2000相比,虽然每个Run的测序通量很低,但是久经考验的新一代测序试剂带来无可比拟的准确性,结合上全新的流体系统,使得一个测序循环时间缩短了8倍以上。

性能参数

读长

上机时间

产量

质量

2×150bp

24小时左右

4.5-5.1Gb

Q30>80%

2×250bp

39小时左右

7.5-8.5Gb

Q30>70%

说明:

1、以上性能需要Miseq V2试剂进行测序。V1试剂仅支持2×150bp,上机时间27小时左右,产量1.5-2GbQ30>80%,目前已不再订购V1试剂。

2、该数据基于Illumina标准品PhiX(碱基分布均匀的DNA样品),推荐上机密度为950-1200K/mm2PF后约880-965K/mm2。而不同的样品的测序结果会受到自身性质的影响。


技术特点

1、测序周期短:Miseq V2 150PE运行时间短至24小时,可用于快速高效的扩增子测序或小基因组测序,以极少的时间完成数据量需求较少的项目。

2Pair-end 读长达250bp:Miseq测序读长已经达到2×250bp,可有效地跨越复杂基因组的高度重复区域,从而提高拼装的效果,更有利于进行基因注释和基因功能的深入挖掘。

3、测序流程便捷:小巧、一体化的MiSeq平台整合了cluster生成,Pair-end测序和完整的数据分析,节省了实验室空间。通过直观的触摸屏界面开展简单的仪器操作,即插即用的试剂带有RFID追踪,具有自动化的便利。


测序流程

     

应用范围

1、扩增子测序

长的末端配对读取能力、速度与高数据质量,使得扩增子测序的项目可在几天内完成。

2、转录组测序

与454测序仪相比,长度类似,价格便宜,便于实现De novo组装,更全面的基因注释。

3、小基因组De novo组装

2×250bp读长与高达7G的测序通量,适合如微生物这类小基因组的项目,拼接效果好。 

4、微生物多样性分析

2×250bp读长,已经可以测通一些可变区域,更有利于提高分析结果的准确性。