10,000份国际水稻核心种质重测序及水稻全基因组分子育种项目由比尔及梅琳达·盖茨基金会和中国科技部支持,华大基因研究院与国际水稻研究所(International Rice Research Institute, IRRI)、中国农业科学院深圳生物育种创新研究院联合启动,是“绿色超级稻项目”的一部分。2014528日,3000株水稻基因组测序文章在GigaScience正式发表,且整套水稻基因序列以可引用形式在该杂志的附属开放获取数据库GigaDB中公开。

通过引入国际水稻核心种质,进行大规模重测序及基因组学分析,构建核心群体,收集表型数据,批量发掘与水稻重要性状相关的基因或QTL位点,搭建大型水稻基因型及表型数据库,为全球水稻育种提供最完整、最丰富的信息指导。此外,以基因组信息为支撑开发水稻全基因组分子育种体系,可快速培育出集高产、优质、多抗于一体的绿色超级水稻新品种。


首批3,000份水稻核心种质聚类分析





水稻育种材料种植情况
国际水稻研究所理事会参观水稻育种基地考察新品种展示成果

华大基因与张家口市农科院合作开展谷子基因组测序,阶段性成果于2012514日在国际杂志《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上发表。

文献检索:Gengyun Zhang, Xin Liu, Zhiwu Quan et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nature Biotechnology. doi:10.1038/nbt.2195


谷子全基因组图谱 


 谷子高密度遗传图谱及重要性状基因定位

抗除草剂、株高、育性、抽穗期、叶色等性状基因已克隆或精细定位

    中山大学和深圳华大基因研究院等单位联合开展石斑鱼全基因组测序和分子育种研究。目前已完成石斑鱼的全基因组图谱和高密度遗传连锁图谱的绘制工作。正在开展石斑鱼性别分化及生长生殖内分泌分子调控机制、重要生产性状QTL定位研究。



石斑鱼

石斑鱼遗传连锁图谱

作为两栖鱼类,弹涂鱼成为研究脊椎动物是如何从水生生态系统里逐渐进化到适应陆地环境的最佳模式生物,已被列入国际千种动植物基因组计划名录。 

本项目大弹涂鱼全基因组测序为主其他弹涂鱼重测序为辅,分析弹涂鱼的进化地位及其两栖习性的适应性演化过程。同时,构建弹涂鱼功能基因库,启动护肤品、保健食品、视力增强产品和抗菌肽等系列产品的研发,并且开展弹涂鱼在红树林湿地的生态保护功能研究。 




                       大弹涂鱼
                   两栖弹涂鱼项目研究思路