随着生物信息学在生命科学领域的作用日趋重要,生物信息学分析软件已成为生物学工作者做研究的必备工具。华大基因研究院发布的生物信息软件包括基础数据分析工具、群体遗传学分析工具和传统工具的优化升级版,可以支持动植物、微生物及人类疾病等领域的个体及群体多组学研究。基础数据分析工具可以对新一代测序技术产生的各种基因组数据进行全方位分析,传统工具在优化升级后也极大的提高了运行速度及效率。群体遗传学是遗传多样性研究的重要理论。目前,传统的人工算法已远远不能满足群体遗传学分析的要求,而群体遗传学分析软件和软件包不仅可以满足其要求,而且还可以方便快捷地处理大量的分析数据。通过这些生物信息分析软件,使用者可以独自进行基因组数据的分析,如组装、基因预测、功能注释、重复序列分析、SNP分析、进化相关分析等。研究人员可以对海量的原始数据进行分析、处理,使之成为具有明确生物学意义的信息,从而使人们能够更加深入地了解生物的起源、遗传、发育与进化的本质。

序号 软件名称 软件描述 服务入口
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SOAP(Short Oligonucleotide Alignment Program)

华大基因自主开发的基因组短序列寡核苷酸分析软件包,它可以高效地处理第二代测序技术产出的巨大数量的短序列,实现比对、短序列组装、序列差异分析以及可变剪接的鉴定。
2 CAT CAT被称为CAT(跨物种比对工具)的一种新算法,是用来进行mRNA序列与哺乳动物基因组之间的比对。
3 ReAS ReAS旨在用未集结reads的全基因组鸟枪法恢复转座子的祖先序列。  
4 RePS(repeat-maskedPhrap withscaffolding) 从鸟枪数据明确列出具体kmer重复序列,并在组装前删除它们的WGS序列组装方法。所建立的软件Phrap用于为每个base计算有意义的错误概率。克隆端配对信息用于构建scaffolds的秩序和重叠。更新版的RePS结合了一些用Phusion介绍聚类的想法。

ftp://ftp.genomics.org.cn/

pub/ricedb/Tools/

RePS/RePS-IBM-AIX.tar.gz

5 MIEREAP 基于深度测序数据的microRNA预测软件。 http://cloud.genomics.cn/
6 SOLEXA-MRNATAG_PIPELINE 基于Solexa测序技术的基因表达谱分析软件。 http://soap.genomics.org.cn/
7 EXON_CAPTURE_PIPELINE 全基因组外显子捕获数据分析软件。  
8 SVBP 对序列拼接结果的可信度检验及可视化软件。  
9 WEGO(WebGene Ontology Annotation Plot) 用于图形显示GOTree注释的Web工具,尤其是在比较基因组分析中。 http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
10 HIBAIS 基于HapMap信息的血统推断分析软件。 http://soap.genomics.org.cn/
11 Solar 处理比对结果的软件,尤其适用于含有intron的比对。 http://cloud.genomics.cn/
12 Kaks_Calculator 用于计算非同义替换率和统一替换率的软件程序包,它采用模型选择和模型平均策略,同时也集成了现有的其他几个用于计算Ka和Ks的算法。 http://evolution.genomics.org.c n/software.htm
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FGF(Fishing Gene Family)

用于在特定基因组里查询蛋白质家族并构建该家族分子进化树的软件系统,可以用来分析基因结构、拷贝数和进化关系等。 http://fgf.genomics.org.cn/