全基因组酶切图谱平台为新一代测序平台,通过绘制全基因组的酶切图谱,来辅助全基因组物理图谱的组装。该技术由美国OpGen公司研发,2011年华大引进该技术,经过2年的研发,现已可提供包括微生物、真菌及动植物等全方位的酶切图谱绘制服务。

Argus Optical Mapping System

Optical mapping通过微纳加工技术,将 DNA以单分子线性地固定在芯片上,用限制酶切割DNA,荧光标记所有的片段,根据荧光强度和位置,定义DNA片段的长度和位置,每一个DNA分子都具有独特的酶切片段长度组合,利用这些DNA分子之间的重叠关系,组装成全基因组酶切指纹图谱,并利用这种图谱定位scaffold的位置关系,进行比较基因组分析。

Argus Optical Mapping System 是Optical mapping的主要执行系统。通过该系统可以进行DNA检测、DNA酶切、数据采集及分析组装,最终提供组装好的全基因组酶切图谱。

性能参数

单张酶切芯片数据产量
通量(天)
单张酶切芯片运行时间
数据质量标准
15-20Gb
60-80Gb
3.5h

MQ>0.2

AFS<20kb

Avg. DNA size>150kb(细菌)/ 250kb(真菌)/ 280kb(动植物)

说明单张酶切芯片数据产量及运行时间为使用HD MapCard kit的数据,由于真菌及大基因组数据量要求很高,故除细菌外,均采用HD MapCard kit及相应试剂。数据通量按4HD MapCard/工作日计算。

技术特点

DNA制备要求极高,长度达到150kb以上,可轻易跨过重复区域,实现复杂区域的酶切图谱组装,为物理图谱提供参考;

染色体级别的酶切图谱,能够精确定位物理图谱并纠错; 


实验流程

应用范围

全基因组酶切图谱组装

比较基因组分析

菌株分型

基因组辅助组装及纠错

基因组结构变异分析