华大基因测序平台目前以Illumina高通量测序平台为主,此外,还拥有罗氏454测序平台、Life公司的Ion Torrent测序平台及Applied Biosystems公司的ABI3730XL测序平台。2013年收购Complete Genomics公司之后,进一步增强了华大基因在人类全基因组测序技术平台的实力。

除测序平台之外,还有合成平台、基因分型平台、全基因酶切图谱平台等提高测序结果精确度的辅助平台。测序涵盖生物学各领域,包括DNA测序、RNA测序、宏基因组测序、甲基化测序、外显子捕获测序、ChIP-SeqMeDIP测序等。